Download or read book D veloppement d outils de surveillance biologique pour l valuation des risques la sant de travailleurs en arboriculture et en viticulture expos s aux fongicides written by Aurélie Berthet and published by . This book was released on 2011 with total page 256 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Thèse. Biologie. Médecine. 2011

Download or read book Human RNA bait library depletion for human viral pathogen discovery using shotgun metagenomic sequencing written by Maxime Gaudin and published by . This book was released on 2018 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La métagénomique virale est une approche prometteuse pour la détection et l'identification sans a priori de potentiels nouveaux pathogènes.Cependant, son utilisation reste encore marginale en raison de l'importante contamination des viromes par les séquences nucléiques de l'hôte.L'objectif de cette thèse était d'améliorer l'approche de métagénomique pour le diagnostic clinique de maladies infectieuses virales en augmentant le ratio de séquences pathogène/hôte par déplétion des acides nucléiques humains.Le premier chapitre consiste en une synthèse bibliographique des approches de métagénomique virale en recherche clinique et des challenges à relever dans ce domaine. Elle inclut également une revue sur les approches de capture/séquençage ciblées de certains pathogènes dans le domaine des maladies infectieuses humaines.Le deuxième chapitre propose une mise au point méthodologique permettant d'enrichir les métagénomes en séquences non-humaines basée sur l'hybridation et la capture de l'ensemble des acides nucléiques de l'hôte après hybridation avec des sondes ARN humaines biotinylées.Le troisième chapitre est divisé en deux sous-chapitres qui proposent l'application de ce protocole à la détection d'agents potentiellement impliqués (1) dans un cas fatal d'encéphalite et (2) dans un cas énigmatique d'endocardite infectieuse à hémoculture négative.Dans un quatrième chapitre, l'approche méthodologique que nous avons développée est discutée et les résultats sont replacés dans un contexte élargi d'émergence des maladies infectieuses et de lien de causalité entre l'agent détecté et la pathologie observée.

Download or read book Epidemiological and statistical methods for rapid health assessment written by and published by . This book was released on 1991 with total page pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Méthodes épidémiologiques et statistiques pour une évaluation rapide de la situation sanitaire - enquetes sanitaires - sondage par grappes - méthodologie d'enquete du PEV concernant l'estimation du risque relatif - Echantillonnage par lots pour l'assurance de la qualité dans les enquetes sanitaires - le potentiel de la méthode cas-témoins - utilisation des groupes focaux en recherche sociale et comportementale - l'utilité des questionnaires - les avantages de l'utilisation des systèmes d'information géogrpahique en santé publique - évaluation rapide des besoins sanitaires en situation d'urgence de grande ampleur

Download or read book Biologically inspired algortithms for exploratory projection pursuit written by Souad Larabi Marie-Sainte and published by . This book was released on 2011 with total page 206 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La thèse consiste à utiliser des méthodes bio-inspirées pour détecter d’éventuelles structures d’intérêt cachées dans des données volumineuses et multidimensionnelles. L’exploration des données et la détection des structures intéressantes sont basées sur l’utilisation de projections révélatrices qui consistent à optimiser des fonctions appelées indices de projection. Les solutions associées à des optimas sont supposées conduire à des représentations graphiques intéressantes dans des espaces de faibles dimensions. Les structures de données sont complexes et les indices de projection ne possèdent pas nécessairement des propriétés de régularité ce qui rend le problème d’optimisation complexe et coûteux en temps de calcul. Parmi les techniques bio-inspirées, les algorithmes génétiques (AG), l’optimisation par essaim particulaire (l’OEP) et une méthode hybride d’OEP dite Tribes ont été choisies. Trois indices issus de la littérature ont été choisis et un autre indice a été proposé. Ces indices sont optimisés dans le cas unidimensionnel et les structures recherchées sont essentiellement des groupes et/ou atypiques. Ces quatre indices de projection et trois méthodes d’optimisation ont été mis en œuvre dans un logiciel appelé EPP-Lab. Ce logiciel est facile à utiliser avec une manière différente d’analyser les résultats obtenus. La recherche de plusieurs optima locaux a été faite par le biais de lancements successifs indépendants. Une autre stratégie consiste à proposer une méthode multimodale inspirée de Tribes qui permet d’obtenir en un seul lancement plusieurs optima. Enfin, la dernière partie consiste à rechercher des groupes en tenant compte de la position géographique des observations statistiques. Une seconde fonction objectif a été proposée pour minimiser la distance entre les observations statistiques appartenant au même groupe. Trois algorithmes multiobjectifs bio-inspirés ont été choisis. Quelques exemples de données réels et simulés ont été traités pour valider la performance de chaque algorithme dans le contexte des projections révélatrices.

Download or read book Bio text Mining written by Pavel Borisovitch Dobrokhotov and published by . This book was released on 2005 with total page pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L'augmentation rapide du nombre de publications scientifiques pose de nouveaux défis pour la recherche d'information, notamment pour annoter les bases de données biologiques. Ce travail consiste en développement et adaptation des techniques de fouille de textes dans le but d'identifier, à partir des résumés, les articles pertinents pour l'annotation médicale de la base de données Swiss-Prot. En combinant une chaîne de traitement linguistique et un classifieur probabiliste, il est possible d'identifier les articles pertinents avec une précision de 58% et un rappel de 69%. Il est également possible d'exclure des articles non-pertinents avec une précision de 96%. L'analyse des modèles produits par le classifieur a permis d'identifier les mots les plus discriminants pour chacune des classes. Un prototype d'interface d'aide à l'annotation utilisant les programmes développés, a été mis au point. Il a été testé par l'équipe d'annotation médicale.

Download or read book Automated adaptation of Electronic Heath Record for secondary use in oncology written by Vianney Jouhet and published by . This book was released on 2016 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Avec la montée en charge de l'informatisation des systèmes d'information hospitaliers, une quantité croissante de données est produite tout au long de la prise en charge des patients. L'utilisation secondaire de ces données constitue un enjeu essentiel pour la recherche ou l'évaluation en santé. Dans le cadre de cette thèse, nous discutons les verrous liés à la représentation et à la sémantique des données, qui limitent leur utilisation secondaire en cancérologie. Nous proposons des méthodes basées sur des ontologies pour l'intégration sémantique des données de diagnostics. En effet, ces données sont représentées par des terminologies hétérogènes. Nous étendons les modèles obtenus pour la représentation de la maladie tumorale, et les liens qui existent avec les diagnostics. Enfin, nous proposons une architecture combinant entrepôts de données, registres de métadonnées et web sémantique. L'architecture proposée permet l'intégration syntaxique et sémantique d'un grand nombre d'observations. Par ailleurs, l'intégration de données et de connaissances (sous la forme d'ontologies) a été utilisée pour construire un algorithme d'identification de la maladie tumorale en fonction des diagnostics présents dans les données de prise en charge. Cet algorithme basé sur les classes de l'ontologie est indépendant des données effectivement enregistrées. Ainsi, il fait abstraction du caractère hétérogène des données diagnostiques initialement disponibles. L'approche basée sur une ontologie pour l'identification de la maladie tumorale, permet une adaptation rapide des règles d'agrégation en fonction des besoins spécifiques d'identification. Ainsi, plusieurs versions du modèle d'identification peuvent être utilisées avec des granularités différentes.