Download or read book Evaluation de la diversit microbienne provenant des usines de traitement d eau potable parisiennes par des approches mol culaires written by Jean-Baptiste Poitelon and published by . This book was released on 2009 with total page 158 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Any remaining organisms present after treatment in finished drinking water are then released into the distribution system and may interact with microbial populations present in the water distribution network, and can be involved in biofilm growth, nitrification, microbial-mediated corrosion and pathogen persistence. As a consequence, knowledge of the microbial ecology of drinking water treatment plants is of prime of concern for drinking water producers. In order to assess both the bacterial and eukaryotic diversity in drinking water produced from three Parisian surface water treatment plants, we utilized an rDNA based approach to overcome cultivation-based limitations. The results suggest that 16S rDNA corresponding to a variety of eubacterial groups can be detected in finished drinking water. The18S rDNA sequences show that finished drinking water can also contain 18S rDNA sequences representing a variety of eukaryotic taxa. To ensure the microbial quality of drinking water from treatment plant to consumer tap, a final treatment step of disinfection is performed. In order to investigate the consequences of the disinfection step, we examined the variations of bacterial diversity prior to and after chlorine disinfection of drinking water prior to its e y into the distribution network. Our results indicate that certain bacterial groups are particularly affected following the chlorine-based disinfection treatment performed in the two DWTPs, suggesting different levels of sensitivity to the disinfection treatment. As a consequence, the data and approaches presented these studies can be useful to elucidate the complexity and dynamics of the bacterial populations in drinking water treatment plants. This will, turn, improve our understanding of the potential risks associated with the bacterial groups present in drinking water production and distribution networks.
Download or read book Approches mol culaires de la diversit microbienne de deux environnements extr mes written by Erwan Corre and published by . This book was released on 2000 with total page 237 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L’étude de communautés microbiennes de sources hydrothermales profondes de la dorsale medio-atlantique et de réservoirs pétroliers du bassin parisien a été entreprise par des approches culturales et moléculaires. Ces approches ont consisté d'une part en une analyse directe des ARNr 16S par amplification et hybridation in situ, d'autre part dans l'enrichissement de différents types métaboliques à haute température, et enfin dans la caractérisation de souches isolées d'environnements hydrothermaux. Des séquences d'archaea méthanogènes, halophiles ou hyperthermophiles affiliées aux méthanosarcinales ou aux thermococcales ont été détectées dans deux échantillons d'eau de production. Les séquences de bacteria étaient associées à des thermotogales, des proteobacteria delta et des firmicutes à bas G+C% généralement impliqués dans des processus thermophiles et mésophiles de sulfato- ou thiosulfato-reduction. Des séquences associées au genre arcobacter pouvant intervenir dans le cycle des composés soufrés au sein du réservoir ont également été détectées. Enfin des séquences associées au genre herbaspirillum ont été observées mais proviennent probablement d'une contamination du réservoir. Au sein des fluides hydrothermaux, des enrichissements de différents types métaboliques associés au métabolisme du soufre et du méthane ont été positifs à 65 et 80°C. Une grande diversité de séquences a par ailleurs été observée. Les proteobacteria epsilon dominent généralement les banques de séquences bactériennes et sont détectées en forte proportion par hybridation in situ avec les desulfurobacteriales. Des séquences d'archaea (thermococcales, methanococcales et archaeoglobales) ont également été détectées. L’utilisation combinée de méthodes moléculaires et culturales nous a permis de dépasser les limitations inhérentes à chacune de ces méthodes et de proposer une image des relations s'établissant entre les différentes communautés de micro-organismes présents dans ces deux environnements.
Download or read book D veloppement de tests mol culaires pour l valuation de la qualit microbiologique de l eau potable written by Andrée Maheux and published by . This book was released on 2011 with total page pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Download or read book Analyse de la diversit microbienne par s quen age massif written by Najwa Taïb and published by . This book was released on 2013 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les avancées des nouvelles techniques de séquençage (NGS) ont permis dans le cadre des études en écologie microbienne de passer de l'analyse de quelques centaines de séquences par étude à des centaines de millions de séquences. Cette différence quantitative des données produites a induit des différences qualitatives quant aux études réalisées. En effet, avec le changement du type de données, les approches classiques d'analyse ne peuvent être appliquées et il est devenu nécessaire de définir de nouvelles stratégies en tenant compte des contraintes que posent ces données. Alors qu'il était possible d'insérer classiquement quelques dizaines de séquences issues des techniques de première génération dans des phylogénies expertisées, le nombre de séquences généré aujourd'hui par les NGS à chaque expérience rend cette tâche irréalisable et nécessite la mise en place de nouvelles stratégies et l'utilisation d'outils adaptés. Par ailleurs, les outils disponibles d'analyse de la diversité microbienne adaptés aux amplicons de nouvelle génération, implémentent des approches probabilistes et/ou de recherche de similitude pour l'identification des séquences environnementales. L'approche phylogénétique quant à elle, bien qu'elle soit la plus robuste, n'est pas utilisée pour l'annotation taxonomique de ce type de données du fait de ses besoins en temps et en ressources de calcul. Au-delà de l'approche d'annotation taxonomique, les nouvelles techniques de séquençage posent également le problème de la qualité des séquences produites et son impact sur l'estimation de la diversité. Ainsi, ce travail de thèse avait pour objectif la définition d'une stratégie d'analyse bioinformatique de données de séquençage massif dans le contexte de l'étude de la diversité microbienne, en tenant compte des limitations imposées par les ressources informatiques actuelles (matérielles et logicielles) d'un côté, et de l'avantage des méthodes phylogénétiques par rapport aux autres approches d'annotation taxonomique. Ce travail a donné lieu au développement d'une chaîne de traitement proposant une série d'analyses allant des séquences brutes jusqu'à la visualisation des résultats, tout en replaçant les séquences environnementales dans un contexte évolutif. L'approche développée a été optimisée pour la gestion de gros volumes de données, et a été comparée en terme de précision d'affiliation aux autres approches communément utilisées en écologie microbienne. Les tests et simulations ont montré qu'à partir d'une taille d'amplicons de 400 pb, l'affiliation phylogénétique avait les meilleurs résultats mais aussi, que la qualité de cette affiliation différait selon la région hypervariable ciblée. La chaîne de traitements mise en place a ensuite été par implémentée dans un contexte de calcul à haute performance, notamment sur un cluster de calcul, pour proposer un service web dédié à l'analyse de la diversité microbienne.
Download or read book Sources et devenir des antibiotiques dans le bassin versant de la seine written by Fatima Tamtam and published by . This book was released on 2008 with total page 243 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La présence de résidus d’antibiotiques dans les eaux de surface fait l’objet d’un intérêt croissant du fait de la possibilité d’un impact néfaste sur la qualité et le fonctionnement des écosystèmes aquatiques. Par ailleurs, cette présence pourrait contribuer à l’apparition de souches bactériennes antibio-résistantes et de ce fait représenter un risque pour la santé publique. Cette préoccupation est particulièrement d’actualité dans le bassin de la Seine, qui supporte une forte pression anthropique, et qui utilise en Ile-de-France plus de 50 % d’eau de surface pour l’alimentation en eau potable. Après une première étape d’élaboration d’une procédure analytique permettant l’étude de ces contaminants dans différentes matrices environnementales, la contamination de la Seine et de certains de ces affluents a été étudiée. Une présence ubiquiste de certaines molécules, des variations au cours du cycle hydrologique, et une prépondérance des rejets urbains en tant que source de contamination aux eaux de surface ont été mis en évidence. Néanmoins, un impact local non négligeable de la médecine vétérinaire, notamment par les antibiothérapies en pisciculture, a également pu être constaté. L’étude du devenir de ces molécules au cours des traitements d’épuration met en valeur des comportements différents en fonction des propriétés intrinsèques des molécules, des filières de traitements et des conditions de saturation du réseau d’eau usées. Par ailleurs, les processus d’élimination mis en évidence sur les molécules étudiées correspondent majoritairement à des mécanismes d’adsorption, aboutissant à une contamination des boues urbaines, plutôt qu’à une réelle dégradation des substances. Les composés les plus résistants aux traitements sont retrouvés dans les cours d’eau récepteurs à des niveaux de concentrations de l’ordre de la centaine de nanogrammes par litres. Les données d’exposition obtenues dans cette étude s’avèrent généralement bien plus faibles que les valeurs d’écotoxicité publiées dans la littérature, mais celles-ci peuvent être atteintes localement, notamment au niveau des eaux usées hospitalières et urbaines, ainsi qu’à proximité des élevages aquacoles, notamment dans les sédiments.
Download or read book EVALUATION DE LA DIVERSITE BACTERIENNE PAR LE BIAIS DE MARQUEURS MOLECULAIRES written by FLORENCE.. GRATTARD and published by . This book was released on 1998 with total page 150 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: LES METHODES DE TYPAGE BACTERIEN PERMETTENT D'APPREHENDER LA DIVERSITE CLONALE D'UNE POPULATION BACTERIENNE. L'OBJECTIF DE CE TRAVAIL A ETE D'EVALUER LA CAPACITE DE DIFFERENTS MARQUEURS MOLECULAIRES POUR ANALYSER LA DIVERSITE BACTERIENNE. AU SEIN DE L'ESPECE STAPHYLOCOCCUS SCHLEIFERI SUBSP. SCHEIFERI, NOUS OBSERVONS UNE HOMOGENEITE DES CARACTERES PHENOTYPIQUES ALORS QU'UN CERTAIN POLYMORPHISME GENOMIQUE EST MIS EN EVIDENCE PAR DES MARQUEURS SUFFISAMMENT DISCRIMINANTS COMME LA RIBOTYPIE. CE DERNIER MARQUEUR A UNE GRANDE VALEUR TAXONOMIQUE POUR CARACTERISER L'ESPECE SCHLEIFERI PAR RAPPORT AUX AUTRES STAPHYLOCOQUES COAGULASE-NEGATIFS, EN REVELANT UN NOYAU DE BANDES SPECIFIQUES D'ESPECE. NOS TRAVAUX SUR UREAPLASMA UREALYTICUM REALISES PAR AMPLIFICATION GENIQUE ALEATOIRE CONFIRMENT L'INDIVIDUALISATION DE DEUX GROUPES GENOMIQUES MAJEURS OU BIOVARS DANS L'ESPECE, QUI NE REFLETENT QUE PARTIELLEMENT LA DIVERSITE SEROTYPIQUE DE CES BACTERIES. CHEZ PSEUDOMONAS AERUGINOSA, NOUS DEMONTRONS QUE LE POUVOIR DISCRIMINANT DE LA RIBOTYPIE EST DIRECTEMENT LIE AU CHOIX DE L'ENDONUCLEASE DE RESTRICTION UTILISEE POUR SCINDER L'ADN GENOMIQUE DES SOUCHES. LE TYPAGE PAR AMPLIFICATION GENIQUE ALEATOIRE NOUS PERMET DE CARACTERISER DES ISOLATS DE P. AERUGINOSA AVEC UN POUVOIR DISCRIMINANT EQUIVALENT A CELUI DE L'ANALYSE DE MACRORESTRICTION. POUR LES SOUCHES DE P. AERUGINOSA DE SEROGROUPE O:12 QUI DERIVENT D'UN CLONE ANCESTRAL COMMUN, NOUS MONTRONS QUE DES MARQUEURS TRES SENSIBLES COMME L'ELECTROPHORESE EN CHAMP PULSE OU L'AMPLIFICATION GENIQUE ALEATOIRE PEUVENT REVELER UNE CERTAINE DIVERSITE MOLECULAIRE DES SOUCHES. NOTRE ETUDE SUR LEGIONELLA PNEUMOPHILA SOULIGNE L'INTERET DES METHODES D'ANALYSE DU POLYMORPHISME DE L'ADN PAR PCR, A CONDITION D'OPTIMISER LES PARAMETRES DE CES METHODES. EN CONCLUSION, LES MARQUEURS MOLECULAIRES APPARAISSENT COMME UN EXCELLENT OUTIL POUR ANALYSER LA DIVERSITE BACTERIENNE, Y COMPRIS POUR DES ESPECES DERIVANT D'UN PETIT NOMBRE DE CLONES ANCESTRAUX. CEPENDANT, LA CAPACITE D'UNE METHODE DE TYPAGE A ETABLIR UN LIEN CLONAL ENTRE DES ISOLATS BACTERIENS DEPEND AUTANT DES CONDITIONS EXPERIMENTALES QUE DE LA TECHNIQUE ELLE-MEME ET CE PARAMETRE DOIT ETRE DAVANTAGE PRIS EN COMPTE DANS L'EVALUATION COMPARATIVE DU POUVOIR DISCRIMINANT DES DIFFERENTS MARQUEURS.
Download or read book Exploration de la diversit microbienne dans les proc d s d puration des eaux boues activ es written by Rakia Chouari and published by . This book was released on 2003 with total page 40 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Il est maintenant bien documenté que des divisions entières de micro-organismes des domaines Bacteria et Archaea demeurent inconnues du point de vue de leur diversité, de leur génome et de leur physiologie. Afin de mieux appréhender l'étendue de cette diversité, nous avons mené une étude phylogénétique à grande échelle de la microflore présente dans les procédés d'épuration des eaux à boues activées. L'analyse phylogénétique de plus de 4000 séquences d'ADNr 16S a montré que près de 90% de ces séquences représentent de nouvelles unités taxonomiques. Elle a permis également la caractérisation de nombreuses nouvelles lignées phylogénétiques et de divisions candidates. De plus, cette analyse nous a permis de développer de nouveaux outils moléculaires (amorces PCR et sondes) afin de mieux caractériser et quantifier cette diversité. Des cultures en anaérobiose ont également été initiées afin de cultiver certains de ces micro-organismes
Download or read book valuation de l origine des coliformes totaux retrouv s la station de pompage du r servoir McTavish Montr al Canada microforme written by Annie Locas and published by National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada. This book was released on 2002 with total page 158 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Download or read book D termination de sondes oligonucl otidiques pour outils mol culaires haut d bit written by Jérémie Denonfoux and published by . This book was released on 2013 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les microorganismes, par leurs fascinantes capacités d'adaptation liées à l'extraordinaire diversité de leurs capacités métaboliques, jouent un rôle fondamental dans les tous les processus biologiques. Ils interviennent notamment au niveau des changements globaux, comme le réchauffement climatique, en partie occasionné par les émissions croissantes de méthane dans l'atmosphère, mais également par les pollutions résultant de la dispersion de molécules comme les Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques. Ainsi, les communautés microbiennes vont participer à réduire ou à augmenter les effets délétères de l'anthropisation des écosystèmes. La régulation des changements globaux passe donc par une meilleure connaissance de ces communautés qui doivent être explorées dans leur globalité au sein des environnements. Néanmoins en raison de leur forte complexité, une telle exploration n'est possible qu'en utilisant des outils d'analyse haut-débit. Cependant, l'emploi d'outils moléculaires à haut-débit comme les biopuces à ADN passe par la détermination de sondes combinant à la fois une forte sensibilité, une très bonne spécificité et un caractère exploratoire. Pour concevoir de telles sondes un nouveau logiciel KASpOD a donc été développé. De même, en utilisant des sondes présentant les mêmes caractéristiques, le développement d'une nouvelle approche innovante en écologie microbienne de capture de gènes en solution été entrepris. Cette nouvelle méthode d'enrichissement de gènes d'intérêt couplée à du séquençage haut-débit a été appliquée pour l'exploration des communautés méthanogènes du lac Pavin. Les résultats obtenus montrent la pertinence de l'approche qui assure une meilleure évaluation de diversité de l'écosystème avec notamment l'identification de populations appartenant à la biosphère rare. L'autre ajout majeur de cette approche est qu'elle autorise l'identification de grandes régions d'ADN génomique exploitable pour caractériser de nouveaux gènes ou de nouveaux processus adaptatifs.
Download or read book Contribution la mise en vidence d indicateurs relatifs des ph nom nes de post prolif ration bact rienne en r seau de distribution d eau potable written by Eric Delahaye and published by . This book was released on 2004 with total page 203 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: The formation of biofilms in drinking water networks can result in numerous problems: desinfectant decay, corrosion and an increase of bacterial quantities in water. That is why it is now so important to have efficient tools for the estimation of the biofilm formation potential of the produced and distributed water. Incubators have been designed which allow the formation, the sampling and the quantification of biofilms. The experimental protocol has been optimized and, prior to its use on the Paris network, some zones have been identified as the more microbioiogically contaminated. Then, this protocol has been used on these zones. The obtained results prove the low contribution of bacterial cells to Fixed Total Organic Carbon, without knowing if it corresponds to the production of extra-cellular components or not. To reach a pseudo-equilibrium state, biofilms need fifty days or more and some of the obtained results lead to the hypothesis of an in situ reversibility of the VNC state. At the outlet of the plants, biofilms contain more fixed iron and less culturable bacteria than in the network. This is certainly due to highest free chlorine concentrations at the plants and to the use of FeCl3 during the treatment process. None effect of water origin on biofilms formation appears.
Download or read book Basic Technics in Ecological Farming Techniques de Base en Agriculture Biologique Grunds tzliche Verfahren der kologischen Landwirtschaft Le Maintien de la Fertilit des Sols The Maintenance of Soil Fertility Die Erhaltung der Bodenfruchtbarkeit written by Stuart Hill and published by Birkhäuser. This book was released on 2013-12-14 with total page 364 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Download or read book Biowarfare in America written by Jim Keith and published by Illuminet Press. This book was released on 1999 with total page 128 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: The era of chemical and biological megadeath is upon us, and the potential of deadly biowarfare attacks from governments, militant independent groups, and even individuals is far greater than it has been at any time in the past. At this time, more than twenty-five countries are developing, or have stockpiles of chemical and biological weapons, in many cases in sufficient quantities to wipe out the entire population of the world. So far the danger of chemical and biological aggression has been little acknowledged, and, at least in America, little prepared for by federal and local government. Most terrorist threats and attacks are not widely reported in the mainstream media. Although information about the proliferation of man-made diseases is carefully suppressed by governments and the media they will be covered in the pages of this book. Not only is America unprepared and ignorant of what is happening, but the people in government and scientific professions who do know, who should be warning the American public about the dangers of chemical and biological terrorism, are instead doing their utmost to hide this information from us; information that is vital for our survival.The information that is contained in the pages of this book will not be measured or calculated to reassure people that everything is fine, when reassurance is the exact opposite of what is needed at this time. It may even give you nightmares when you realise the real circumstance that we are in. The information in the pages that follow will be the truth about the biowarfare threat to America.
Download or read book Making The Link written by David Kaimowitz and published by CRC Press. This book was released on 2019-04-11 with total page 269 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: This book is about International Service for National Agricultural Research's (ISNAR) study to identify key factors that influenced the effectiveness and efficiency of links between research and technology transfer. It recommends ways to improve these links and reflects the progress made till date.
Download or read book Innovation Africa written by Pascal Sanginga and published by Routledge. This book was released on 2012-05-04 with total page 432 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: 'Innovation by with and for farmers in Africa is one of the major contemporary challenges of development. This book will be essential reading for anyone interested in these issues.' Professor Ian Scoones Institute of Development Studies at the University of Sussex UK 'This book takes the theme of innovation and its mainstreaming in research and extension a major step forward. I am impressed by the wide range of subjects and the diversity of authors.' Chris Reij Vrije Universiteit Amsterdam The Netherlands Agricultural research extension and education can contribute greatly to enhancing agricul.
Download or read book Trends in Vital Food and Control Engineering written by Ayman Hafiz Amer Eissa and published by . This book was released on 2012 with total page 304 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: This book is an example of a successful addition to the literature of bioengineering and processing control within the scientific world. The book is divided into twelve chapters covering: selected topics in food engineering, advances in food process engineering, food irradiation, food safety and quality, machine vision, control systems and economics processing. All chapters have been written by renowned professionals working in food engineering and related disciplines.
Download or read book Innovation and the Development Agenda written by OECD and published by OECD Publishing. This book was released on 2010-08-12 with total page 155 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Innovation drives long-term economic growth. This book examines the role of innovation in developing countries, with a focus on Africa.
Download or read book The Ladybird Illustrated written by D H Lawrence and published by . This book was released on 2020-11-09 with total page 100 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: "The Ladybird is a long tale or novella by D. H. Lawrence. It was first drafted in 1915 as a short story entitled The Thimble. Lawrence rewrote and extended it under a new title in December 1921 and sent the final version to his English agent on 9 January 1922. It was collected with two other tales, The Captain's Doll and The Fox, and the three novellas were then published in London by Martin Secker in March 1923 under the title The Ladybird and in New York by Thomas Seltzer as The Captain's Doll in April 1923."
